የስታቲስቲክስ ስራ በኢትዮጵያ ከብዙ ዓመታት በፊት ቢጀምርም፣ የተደራጁ ስርዓቶች በ1950ዎቹ መገባደጃ ላይ ተፈጠሩ። ይህም በከፊል ለማህበራዊ እና ኢኮኖሚያዊ ዕቅዶች የሚያስፈልጉ የስታቲስቲክስ መረጃዎች ፍላጎት ስለነበረ ነው።
በ1959 በአፍሪቃ ኢኮኖሚያዊ ኮሚሽን የአፍሪቃ ሀገራት ስታቲስቲክስ ባለሙያዎች ኮንፈረንስ ተካሂዷል። በዚህ ኮንፈረንስ ላይ የአምስት ዓመት የስታቲስቲክስ እርምጃ እቅድ ለማቅረብ ስምምነት ደርሷል፣ ይህም ሀገራችንን የበለጠ የተደራጀ የስታቲስቲክስ ስርዓት ለመፍጠር አበረታታው።
በዚህ ተነሳሽነት፣ የይፋዊ ስታቲስቲክስ መረጃዎችን ለማዘጋጀት የተላለፈ ክፍል በንግድ እና ኢንዱስትሪ ሚኒስቴር ትእዛዝ መሠረት በጁን 25፣ 1960 ከ14 የሙያ ሰራተኞች ጋር ተቋቁሟል።
የኢምፓየር መንግሥት በ1972 በ74/1972 ትእዛዝ እና በ303/1972 አዋጅ ድርጅቱን እንደ ማዕከላዊ ስታቲስቲክስ ቢሮ በሰፊ ስልጣን እና ኃላፊነት እንደገና አደራጅቷል።
በ2005 የተለቀቁት አዋጆች ቁጥር 442/2005 (ድርጅቱን ወደ "ማዕከላዊ ስታቲስቲክስ ባለስልጣን" ለመለወጥ) እና 449/2005 (የሕዝብ ቆጠራ ኮሚሽን ለመቋቋም) የዛሬውን የስታቲስቲክስ ስርዓት መሰረት አቋቁመዋል።
በ2007 በ471/2007 አዋጅ የሚኒስትሮች ምክር ቤት እንደገና በሚቋቋምበት ጊዜ ድርጅቱ "ማዕከላዊ ስታቲስቲክስ ኤጀንሲ" ተብሎ አዲስ ስም ተሰጠው። የአሁኑ "የኢትዮጵያ ስታቲስቲክስ አገልግሎት" የሚለው ስም በ2014 በ1263/2014 አዋጅ መሠረት ተመሠረተ።
በአሁኑ ጊዜ አገልግሎቱ ከ2,500 በላይ ሙሉ ጊዜ የሙያ ሰራተኞች እና 3,000 ጊዜያዊ ሰራተኞች አሉት፣ እነዚህም በተለያዩ ጥናቶች ላይ የተሰማሩ ናቸው። በተጨማሪም፣ ኤጀንሲው ስራዎቹን በተገቢው ለመፈጸም በሀገሪቱ ዙሪያ 25 ቅርንጫፍ ቢሮዎች አሉት።